Bei der Vorgangsbearbeitung werden Workflow Engines eingesetzt, welche Arbeitspakete in einem Prozess steuern. Die Vorgangsbearbeitung kümmert sich dabei um den korrekten Ablauf, Plausibilitätsprüfungen innerhalb der Prozess-Schritt-Übergänge und die korrekte Berechtigung der Schriftgutobjekte.

In Verwaltungsverfahren werden oft Akteninhalte (Dokumente, Vorgänge, Laufmappen) über die Vorgangs­bearbeitung gesteuert. Der Zugriff auf die Schriftgutobjekte in der e-Akte ist in diesem Fall unerlässlich. Vorgelagerte Prozesse, wie die Posteingangsbearbeitung, kann der Aktenbearbeitung auch vorgelagert werden. In diesem Fall muss die Vorgangsbearbeitung die Dokumente selbst verwalten oder Verweise auf die Zusammenarbeits-Komponente führen. In diesem Fall können auch automatisierte Schritte zur Übernahme in die e-Akte zum Einsatz kommen.

bonnealogo lässt sich durch die serviceorientierte Architektur optimal an Vorgangssysteme anbinden. Das Vorgangsbearbeitungssystem steuert in diesem Fall die Arbeitspakete mit Verweise auf die e-Akte.